工程预算审计方法还有很多各有各的优缺点 ，要提高审计效率，关键是要会选择。政府投资项目范围广泛 ，各项目的建设难度、标准也不一致。另外，政府工程经常受到人为因素和自然条件的影响，往往建设时间长，存在较多的设计变更和现场签证 ，有的项目在审计时已经发生变化 ，甚至无法进行现场取证。这些因素决定了工程预算审计具有多样性、复杂性和风险性。因此，选择审计方法时，既要考虑不同的审计阶段和审计内容，还要结合审计目标，注意审计方法之间的交叉使用和外部审计条件的许可，做到有的放矢、科学使用。
工程预算按签证性质可以分为：
①工程经济签证：是指在施工过程中由于场地、环境、业主要求、合同缺陷、违约、设计变更或施工图错误等，造成业主或承包商经济损失方面的签证。经济签证涉及面广，项目繁多复杂，应严格控制签证范围和内容，把握好有关定额、文件规定。建筑工程质量检收划分为检验批、分项工程、分部工程、单位工程的质量验收，做出程序和组织规定要求：（1）检验批的质量验收记录由施工项目专业质量检查员填写，监理工程师（建设单位项目专业技术负责人）组织项目专业质量检查员等进行验收。（2）分项工程质量应由监理工程师（建设单位项目专业技术负责人）组织项目专业技木负责人等进行验收。
工程预算暂列金额是指在招标工程量清单中暂定并包括在工程合同价款中的款项。用于施工合同签订时尚未确定或者不可预见的所需材料、工程设备、服务的采购，施工中可能发生的工程变更、合同约定调整因素出现时的工程价款调整以及发生的索赔、现场签证确认等的费用。暂列金额由发包人根据拟建工程特点确定，一般可以分部分项工程费的10%～15%为参考。施工过程中由发包人掌握使用，扣除合同价款调整后如有余额，归发包人。
工程审计是控制工程预算的有效措施，它可以提高工程资金的使用效率，对整个工程项目起到了监督检查的作用。随着经济的快速发展，我国开展的大型工程也相应的增多，工程项目审计在工程建设经济活动中起了越来越重要的作用。我国在工程审计中也相应地借鉴了国外的一些先进的技术，通过科学有效的创新管理，不断的丰富工程审计的项目和类型，推动了我国工程建设方面的重大发展。接下来我们具体讨论工程审计在工程预算控制中的有效作用。